烟雨楼位在滮湖中央，受风雨侵袭比较严重，故砖木结构的房屋容易损坏。隆庆五年(1571)虽经沈奎修葺，但到万历十年(1582)只经过短短的十一年，又到了“圮不可登”的地步了。龚勉于万历九年(1581)出任嘉兴知府，见烟雨楼损坏不堪，塌圮不能登临，于是在下一年集资修葺。落成后，他又写下了《重修烟雨楼记》。龚勉的这次重修烟雨楼，工程规模比沈奎略大，他在记中说“楼仍其朴而易其材，务令可久”。确是很花费了一番工夫的。然而鉴于当时嘉兴社会的现状：农业连年歉收，而民风习俗却日益侈靡。这位新任知府还是有所悚惕，一再地申明：不得以重修烟雨楼而览胜享乐，只是为了保住这一方名胜，不使久废湮没。
龚勉在修葺烟雨楼的同时，利用开浚城河的淤泥，增高了沈奎所筑的石台，取名为“钓鳌矶”，期望嘉兴府城中的读书人，在进京赴试时都能得中功名，独占鳌头。并亲自写下了钓鳌矶三个大字，刊成石碑，嵌在石台之下。从此之后，烟雨楼不再仅仅作为登临游览的胜地，而是成为“有关一郡文风”的象征了。这对于“罕习军旅，尤慕文儒”的嘉兴人来说，钓鳌矶的筑造当然是一大快事。当时嘉禾名士彭辂挥笔洋洋洒洒写了一篇《钓鳌矶记》，为龚勉重修烟雨楼新置的一景钓鳌矶，留下了一篇文字。
烟雨楼的建造，是坐南朝北。所以龚勉也说：“楼之后翼以轩，轩之前临流为台二层，而名之曰钓鳌矶。”轩就是指栖凤轩。据此，当时的楼是面对城堞，和后来的转向不同。
钓鳌矶筑成的下一年，即万历十一年(1583)秀水县举人朱国祚得中了状元。这件事给龚勉增添了极大的光彩，于是又在烟雨楼的小岛上，建造了一些亭台楼阁，取其名为“瀛洲胜境”。瀛洲意即仙山。《史记》载：“海中有三神山，名曰蓬莱、方丈、瀛洲，仙人居之。”竟至神道设教，使烟雨楼披上了宗教色彩。龚勉在《烟雨楼杂咏》序中，说他到嘉兴当知府的第三年，既重修了烟雨楼又增筑了钓鳌矶，后来朱国祚考中状元，果然应了“钓鳌”的吉兆，因此愈益相信神灵、风水的庇佑是万不能缺的。这当然是龚勉的局限，但由此增添出十二个新景观，却成了谈说烟雨楼变迁的一个不可省略的部分。如“杂咏”中提到的“大士阁”，即于今的“观音阁”恐怕便是由此而来的。而凝碧阁则仍保持着旧的名称。
龚勉字子勤，号毅所，江苏无锡人，隆庆进士。初仕嘉兴知县，万历九年任嘉兴知府。著有《烟雨楼志》四卷，但见书目，书今已佚。
