1938年，陈独秀从国民党监狱里出来后，漂泊到四川省江津县（今属重庆市），度过了生命的最后4年。
1938年7月2日，陈独秀和他的夫人潘兰珍等走下长江客轮，从重庆的朝天门码头上岸。先期抵渝的他的三儿子陈松年迎上来，接过行李，相对无言。
陈独秀到重庆后，回绝了新闻记者采访和社会名流约见，但参加了张恨水等安庆老乡的接风洗尘宴会。北大时期的老朋友沈尹默赠诗陈独秀：时乖遂入市，曲尽宜归山。
初到重庆，他了解到江津比重庆凉爽、日本人的飞机空袭少、生活费用也便宜，便希望能到江津居住。开始，他住在浙江桐城人方孝远东家里。后受同乡邓仲纯坚邀，搬到邓家居住。邓不但与他同乡，而且一同留学日本，后同在北大共事，并一起开展革命活动。由于此处居住环境比较好，陈独秀把在老家的养母谢氏和在重庆的儿子儿媳接来同住。
1939年3月，谢氏去世，陈独秀十分悲痛地说：养母其实是我的婶母，终生未育，我自幼过继给她为嗣子。他告诉儿子陈松年，将来一定要把祖母的遗骨带回去重新安葬。
邓家条件虽好，但邓太太一直认为陈独秀是个危险分子，对陈独秀来家居住，一直不甚乐意，时有脸色相加。陈独秀不能忍耐这种寄人篱下的日子，择房另居。
几经周折，几经搬迁。陈独秀终于在江津鹤山坪杨鲁承后人的居所石墙院安定下来。埋头整理杨鲁承的遗稿。杨鲁承是清朝进士，著有《杨鲁承先生<皇清经典>》、《群经大义》、《龙溪日记》等多部书稿，子孙因家道衰败，读书不多，从未整理出版。
杨鲁承的孙子杨庆余十分崇拜和同情陈独秀，再三恳求陈独秀到他家居住，并代为整理其祖父的书稿。于是，陈独秀住进了石墙院，直到去世。
石墙院位于一个小山梁的最前端，三面环沟。出前门，放眼沟壑起伏，遍是稻田松林，出后门便进入一片竹林，竹林外又是低田高树。周围又人家不多，确是难得的世外桃源。
陈独秀在这里花了一年多时间整理杨鲁承的遗稿，考订、整理出《皇清经解》一部、《杨鲁承先生遗作六种》一套。后来，杨庆余自费出版《皇清经解》1000册，做传家藏品。
陈独秀在整理杨鲁承遗稿的同时，也编辑自己的著述。他把在南京监狱中撰写的文稿校定编辑，定名《小学识字教本》。该书收录他发表在《东方杂志》的《荀子韵表考译》、《实庵字说》、《老子考略》、《中国古代语音有复声母说》、《中国古史考》、《禹治九河考》等学术文章。他还写了自己的回忆录《实庵自传》。
陈独秀在江津居住期间，时有朋友、同事、学生来人来信，谈事、索教，他都尽可能地回复。有时三五旧友一起谈诗论词，评头品足，也有一些乐趣。但是，由于他除了一点微不足道的稿费外，没有固定经济来源，生活十分困难，有时靠亲友接济度日。
陈独秀入川后，时在重庆工作的周恩来和董必武，曾经探视过陈独秀，看到陈独秀生活的困境，他们都诚恳而坦率地请他写个书面检查，然后去延安。但陈独秀回答：回党工作，固我所愿。唯书面检查，碍难从命。周恩来、董必武送上的一点钱，陈独秀也坚决不收。他说：还是把这点钱用来营救狱中同志，照顾烈士遗孤吧！
这个时期，蒋介石也曾派胡宗南、戴笠等前去探访，想请陈独秀与之合作，但遭到陈的拒绝。胡宗南、戴笠带去的礼物，也被陈独秀坚辞不受。
1942年5月12日上午，陈独秀高血压复发。由于他服用的用来降血压的干蚕豆花发生霉变，饮后中毒不断腹泻。后来数天内头晕目眩，冷汗如浴，不时昏迷……
25日，陈独秀自知不治，对妻子潘兰珍说：你人年轻，找一个工作做，一切务要自主、自立；遇到合适的，再找一个人。并再次嘱咐儿子陈松年：以后回家，把我的棺木、祖母的棺木，都带回去重新安葬。
27日晚，昏迷两天的陈独秀有些清醒，但突然奋力挣扎了几下，脑袋一偏，耷拉下去。陈独秀就这样走完了人生旅程。终年64岁。
陈独秀去世之后，安葬在江津县大西门外外鼎山。
1947年，陈独秀的三子陈松年遵其遗嘱，把陈独秀的棺木从四川江津迁回故乡安徽安庆市，安葬在北郊十里乡林业村，与原配高晓岚合葬。通往墓地的，是一条狭窄的泥路。1989年五四运动70周年前夕，那里修建了一条七米宽的柏油马路，汽车可以直达墓地。
